十二指肠溃疡的好发部位在十二肠球部。十二指肠位于胃幽门口的下端，呈U型结构，与胃连接的呈十二肠球部，还有之后的十二肠降段、水平段、升段，最后接入近端的空肠。通常医生所说十二指肠溃疡，是指十二指肠球溃疡，十二肠降部亦可发生溃疡，通常病因略有不同。近90%的十二肠的球部溃疡患者，合并幽门螺杆菌感染，这种细菌在胃内长期定植，导致胃酸分泌异常，可以引起胃溃疡、胃癌、胃炎以及十二指肠球部溃疡。十二指肠降部亦可出现溃疡，部分特殊的肿瘤，例如胃泌素瘤，可以反复引起十二指肠降段多发性溃疡，也是较为多见的情况。也可能与临近脏器的肿瘤有关，例如胰腺、胆管肿瘤，对于十二指肠降壁外侵犯，可能导致十二指肠降段长溃疡。