肛门口长了一个肉疙瘩，有时候疼痛，具体原因如下：1、痔疮：如混合痔，或者内痔、外痔等，混合痔跟外痔比较容易出现疼痛，内痔出现疼痛的几率不是很大，主要以出血为主，但是有时内痔痔核牵动、水肿等也会出现疼痛不适，因此肛门口长个肉疙瘩，有时候疼痛，可能是痔疮引起；2、感染性疾病：肛周或肛管痔疮感染性疾病，如肛周脓肿、肛瘘等，此时也会在皮肤下面形成一个肿块，就像长了一个肉疙瘩，此时有时疼痛会比较明显，有时候会伴随全身发热，出现其他并发症，这种情况应该尽早及时的去医院就诊，或者让肛肠科医生做肛门指检、肛门镜检查，来明确是什么疾病，来明确疾病的病因、来源等，同时也可以借助辅助检查，如B超、核磁等，来进行诊断和鉴别诊断；3、皮肤或肛周、肛管问题：也会出现肉疙瘩，如肛周皮腺囊肿，以及肛周纤维瘤、脂肪瘤等，有时候也会因为感染等出现疼痛。因此肛门口长了一个肉疙瘩，有时候疼痛，一定要检查，诊断明确以后再考虑怎么进行治疗。