治疗孩子智力低下的最好办法是针对病因进行治疗以及康复训练。引起孩子智力低下的原因比较多，包括染色体畸形，甚至是一些基因导致的异常等，都可以引起智力低下。还有出生时候的缺氧、缺血、中毒以及神经系统变性性疾病等，都可以导致孩子智力低下。还有内分泌疾病如先天性甲状腺功能低下等，要针对病因治疗。有一些病因通过早期发现，早期治疗，会使孩子的智力跟同龄儿类似。如先天性甲状腺功能低下在出生的时候应该筛查，如果在出生1个月之内确诊，往往给予甲状腺素片口服以后，能够显著改善孩子的智力水平。苯丙酮尿症在出生以后也要进行筛查，如果筛查出来，通过低苯丙氨酸饮食等，能够改善其智力水平。还有半乳糖血症等遗传代谢病，如果早期发现，早期给予饮食调整，都可以改善孩子的智力水平，这是针对病因治疗。而由于染色体疾病引起的智力低下往往没有办法针对病因治疗，如21-三体综合征引起的智力低下，常常要通过后期康复训练，如语言和运动训练，让孩子达到生活自理，并且逐渐掌握一些技能，来改善其智力水平。其他的如缺氧缺血性脑损伤导致的后遗症、中毒引起的脑损伤后遗症、神经系统变性性疾病等，都可以通过后天的康复训练来改善孩子的智能水平。