男生喉结不明显的原因主要有以下几点：1、生理性原因：多与家族遗传有关，比如男生的爸爸、叔叔、伯伯等亲戚喉结可能也不明显。若男生的其他第二性征发育都正常，喉结不明显可能与肥胖有关。因为喉结明显多见于较瘦或者正常体型的男生，体型偏肥胖的男生脖子可能比较短，更不易看出喉结，建议可以通过减重使喉结明显；2、病理性原因：如果喉结不明显的同时合并有性器官异常、无遗精，胡须、腋毛、阴毛等不生长的情况，可能存在雄激素分泌异常即雄激素分泌减少。这种病理情况需要及时就诊，完善相应检查，因为可能影响患者以后的生长发育，甚至生育能力。