会厌囊肿是否可以吃药消除需要分情况讨论，如果是急性感染期引起的会厌的囊肿，可以尝试口服甚至静脉给予抗生素进行治疗。但是会厌后壁囊肿很难通过药物进行治疗，如果症状严重的情况下，可以采用手术治疗。会厌囊肿往往是一种慢性病变，等发现的时候，往往已经超过了三个月。在这种情况下，使用药物，无论是抗生素，还是利咽、排水、清热解毒的药物，很难有效达到病变的部位，很难起到效果。但是并不是每一种会厌囊肿都需要治疗，如果囊肿很小，没有引起特殊不适，注意随访和观察即可。如果会厌囊肿过大、咽异物感过重，甚至引发了呼吸困难或者反复感染，这个时候可能就要采用积极的方法进行治疗。