子宫内膜异位症病因目前尚未明确，普通人内膜异位症最可能原因为未及时生育或多生孩子，在父母辈年代生产次数较多，则该疾病极少发生，教科书关于该病介绍较少。目前女性生产越来越晚且越来越少，该疾病发病率明显增加，因此适龄婚育为子宫内膜异位症主要预防手段。 临床上存在较多机制。最常见机制为月经血回流。月经血可顺阴道流出，也可顺输卵管流至腹腔内，临床做手术过程中经常可看到。月经后做腹腔镜手术，可看到盆腔存在月经血，可种植在腹膜处，继而发展为子宫内膜异位病灶，若种植卵巢部位，最终可生成巧克力囊肿。此外临床上也存在子宫内膜异位症免疫学说或其它学说，但总体还在研究中。