对于部分隐匿型阴茎患者，需观察阴茎隐匿后对功能的影响，可能需要进行手术治疗。因阴茎有排尿与进行性生活的功能，关于排尿可能个别完全隐匿者会受到影响，每次排尿时需要将阴茎拉出，还可能存在尿到裤子上的风险，主要会影响外观。另外，患者勃起时有效长度不足会影响性生活质量，对于部分患者则需要进行悬吊手术或去脂手术使阴茎显得更长。部分隐匿型阴茎属于阴茎长度相对正常但被隐藏，多发生于儿童整个阴阜部位脂肪较厚，将阴茎完全隐藏在脂肪内。还有部分成年人如较胖或阴茎结构存在异常，阴茎埋藏在脂肪内，若完全埋藏称为完全性隐匿，若埋藏部分则成为部分隐匿。