奥美拉唑可以治疗慢性胃炎，特别是治疗跟过多的酸分泌相关的慢性胃炎。如果慢性胃炎表现为酸过多症状，如反酸、烧心、腹痛等，可选用奥美拉唑等抑酸药物，但并非全部的慢性胃炎均需应用奥美拉唑，如果慢性胃炎无明显酸过多的表现，仅表现为功能性消化不良的症状，此时主要为对症治疗，不需较强抑酸治疗。奥美拉唑为质子泵抑制剂，主要作用于泌酸B细胞的氢-钾-ATP酶。慢性胃炎常见病因为幽门螺杆菌感染，去除病因治疗时，可选用奥美拉唑，同时联合两种抗生素，以及一种铋剂，组成四联疗法进行幽门螺杆菌的根除。