牙根发黑想自己清除，可以使用以下的方法：1、巴氏刷牙法：建议使用巴氏刷牙法刷牙，使用巴氏刷牙法可以充分将牙根的部位进行较好的刷洗，反复、规律的刷洗可以尽量的将牙根的菌斑、牙结石及食物嵌塞、色素沉着等，这些可能会导致牙根发黑的问题进行自己清除；2、其他：牙根发黑还可以通过漱口液的漱口、外用的冲洗药物，进行自行清除。如果通过上述方法还是不能清除牙根发黑的问题，建议患者尽早到正规医院的口腔科，或者是口腔医院的牙体牙髓病科以及牙周病科，找专业的口腔科医生进行仔细的检查，根据导致牙根发黑的病因给予及时的处理。如果是由于龋病所导致，应该去龋、冲洗、消毒、隔湿、吹干以后进行充填修复。如果是由于菌斑、牙结石引起，应该进行龈上洁治和龈下刮治的治疗。