怀孕有囊肿，如何治疗要分类型而定，具体内容如下：1、黄体囊肿：又称为黄素囊肿，可以不用处理，一般不会太大，怀孕3个月后会逐渐吸收，对于怀孕基本没有影响，通常是由于怀孕后体内激素引起卵巢反应性增生；2、子宫内膜异位囊肿：囊肿如果不大，在怀孕的情况下，有些子宫内膜异位囊肿可以逐渐消失，因为怀孕可能会治疗子宫内膜异位症。也有子宫内膜异位囊肿在怀孕时出现破裂，出现突然腹痛，可能需要进行手术；3、卵巢癌：如果除囊性改变外，还有实质性改变，要警惕卵巢癌的风险，要查肿瘤标志物判断囊肿是否快速生长，是否伴有肿瘤标志物的快速增长，如果怀疑恶性肿瘤应该及时进行手术。