泮托拉唑和奥美拉唑都属于抑制胃酸分泌的药物，属于同一大类别的药物，在化学结构和药理学作用上基本相同。但是这两种药物也有所差别，具体如下：1、化学结构：泮托拉唑与奥美拉唑的部分化学结构可能会有所差异，虽然两者对胃酸作用的效果基本相似，但是也有研究表明，可能泮托拉唑的抑酸效果略强于奥美拉唑；2、药物代谢：泮托拉唑代谢一般不受细胞色素p450酶的影响，同时也不会影响其他药物经过这个酶的代谢。但是奥美拉唑的代谢过程可能会受到更多的这个酶的影响，另外奥美拉唑也可能会容易影响其他药物的代谢。比如心血管患者常用的氯吡格雷可能会和奥美拉唑有药物相互作用。泮托拉唑发生药物相互作用的几率更少，而奥美拉唑相对容易发生药物相互作用。总之，泮托拉唑和奥美拉唑都属于抑制胃酸分泌的药物，这两者在药物代谢方面具有一定的差别。