女性小腹两侧疼原因，包括泌尿系统感染、盆腔因素，需要精确诊断具体病因、病灶，具体如下：1、泌尿系统感染：如慢性肾炎、肾积水、肾结石、输尿管结石、输尿管炎、膀胱结石、膀胱炎等泌尿系统结石或炎症，会使得女性两侧小腹疼痛，同时急性尿路感染与泌尿系统肿瘤，也会出现上述症状；2、盆腔因素：妇科问题包括输卵管不通、慢性盆腔炎、附件炎、子宫肌瘤、宫颈糜烂、息肉甚至宫颈粘连，会引起女性小腹两侧疼痛。