肝内胆管结石的治疗主要根据结石相关的症状，受累胆管、相邻肝脏是否出现器质性的病变或者并发症，来采取相应的药物和外科手术治疗，具体如下：1、较小的肝内胆管结石不会出现明显的临床症状，不引起胆道的梗阻，这种情况先通过定期检查，必要时可以采取溶蚀的药物来进行对症治疗；2、引起胆道梗阻，特别是已经合并有胆管明显扩张、胆管炎症的结石，则需要通过外科手术进行胆管切开取石。受累的胆管如果局限在某一个肝段或肝叶，特别是已经出现了相邻肝脏的肝纤维化，甚至是肝硬化，则建议通过外科手术将受累的肝段，或肝叶连同胆管及肝内胆管结石一并切除；3、部分肝内胆管结石弥漫分布在左右两肝，这种情况可以进行肝脏移植或者是胆管扩大成形、胆肠吻合，尽量地将结石取净，保证胆道的通畅引流。