巧克力囊肿会影响试管婴儿的成功率，主要是巧克力囊肿生长在卵巢局部，而卵巢是重要的排卵器官。如果在试管婴儿过程中，促排卵治疗的情况下，卵泡壁会出现增厚的现象，因此会影响排卵。并且卵巢囊肿生长在卵巢，卵巢又是重要的内分泌器官，因此有可能会影响内分泌婴儿，影响试管婴儿的成功率。所以建议如果是要做试管婴儿的情况下，先把巧克力囊肿做手术治疗之后，再考虑做试管婴儿。并且在试管婴儿前，还要做其他的准备，比如性激素六项的化验、卵巢储备功能的化验、肝肾功能的检查、血常规凝血时间的检查、甲状腺功能检查等等。因此这是一个复杂的过程，要做好相应的心理准备。并且试管婴儿目前在临床上并不是百分之百都会成功，所以在做之前要给予了解。