在临床上治疗扁平疣常常会用到液氮冷冻，而液氮冷冻比较表浅，所以一般情况下不会留下瘢痕，但是任何事情都不绝对，有一些个别的患者也会留下瘢痕。比如患者本身是一种瘢痕体质，液氮冷冻有的时候也会留下瘢痕。另外，皮肤本身愈合能力差的患者也可能会留下瘢痕。 如果扁平疣反复发作，长时间进行冷冻，或多或少也可能留下一些微小的瘢痕。一般在液氮冷冻后会留下色素沉着斑，或者色素减退斑，在临床上可见到有褐色的斑片或者白色的斑片，该斑片需要很长时间才能够去除，一般需要经过3-6个月的时间，才可能恢复到正常皮肤的颜色。