新生儿牛奶蛋白过敏一旦确诊，应立即回避牛奶喂养至少6个月或至9-12月龄，而IgE介导的严重速发型过敏反应的患儿需要回避到12-18个月龄。90%的牛奶蛋白过敏患儿可耐受以乳清蛋白或酪蛋白为氮源的深度水解配方奶，但确诊牛奶蛋白过敏中约有10%的患儿对于深度水解配方奶仍存在过敏，此时应选择以氨基酸为氮源的配方奶。氨基酸配方奶可作为严重全身过敏反应、严重肠病，并发低蛋白血症或者生长缓慢患儿的首选奶，待激发试验阴性后患儿才能摄入普通的牛奶制品。