真菌性外耳道炎理论上可根治，但在治疗过程中由于使用药物的疗程长短不同，可能会造成病情反复。 理论上真菌性外耳道炎是由于真菌感染引起的局部皮肤炎症，因此治疗主要为杀灭真菌。杀灭外耳道皮肤的真菌感染主要采取抗真菌药膏进行局部涂抹，并且需保持局部干燥。如果能做到上述两点，可以对真菌性外耳道炎起到根治效果。 如果不能长时间坚持用药，或不按照规律服用药物，则真菌性外耳道炎非常容易反复，此为难以根治的主要原因。