儿童抽动症的病因目前不是很明确，确定的病因是跟遗传有关系。在临床上很常见，家长带着儿童就诊时，可以看到儿童挤鼻子弄眼，儿童的家长同时也在进行此动作，此情况较为常见。所以此病和遗传有关系，另外跟脑功能的紊乱也有关。因为儿童的异常动作，都是由中枢神经系统控制，异常的动作都与大脑的异常放电，跟神经递质，尤其是现在研究与5-羟色胺的神经递质分泌功能、调节紊乱密切相关。所以治疗儿童抽动症的药物，都作用于5-羟色胺系统的神经递质。5-羟色胺又与人的情绪、动作密切相关，尤其是情绪，所以部分儿童还伴有抑郁状态等表现。而儿童抽动症确切的病因不太清楚，可能与神经递质的调节功能紊乱和遗传因素密切相关。