内异症的诊断主要是依靠患者临床症状，还有妇科检查以及相关辅助检查。辅助检查最主要以彩超为主，对于彩超无法发现的疾病类型，比如深部浸润型内异症，需要完善相关CT、核磁检查，有助于帮助诊断，以及了解病灶的生长部位、生长的范围，还有组织学、病理学的结果是不是完全符合疾病诊断，尤其是做病理诊断，病理诊断是诊断疾病的金标准。 部分内异症患者，现在也可以通过腹腔镜的检查做明确诊断。因为腹腔镜检查是微创手术，微创手术对患者创伤较小，并且微创手术取病理可以明确诊断。并且把内膜异位症的腹腔镜手术作为一种金标准的诊断方式。患者盆腔、子宫、卵巢占位的病变都可以用腹腔镜作为检查。