头顶局部凹陷的常见原因如下：1、先天性因素：可能在患者出生时即存在，在后续成长过程中逐步明显，并且不会在短时间内发生明显变化，按压时也不会出现压痛或波动感等明显异常的表现；2、病理性因素：若造短时间内逐渐形成头顶部凹陷，则患者需提高警惕，明确是否由于颅骨的后天性病变造成，如颅骨嗜酸性肉芽肿，可造成颅骨溶骨性破坏，伴有明显的局部压痛。患者在进行抽血化验时，可以发现嗜酸性粒细胞明显升高，可通过头颅CT、磁共振检查进一步明确。此外，全身其他部位的癌症均可转移到颅骨，形成颅骨转移瘤，造成颅骨的局部破坏，也可导致患者的头部出现包块、凹陷等情况。