非典型川崎病和典型的川崎病一样，可能都是内因和外因共同作用下，诱发机体免疫反应，从而出现相关川崎病临床症状，导致川崎病发生。具体发病机制目前尚未明确，非典型川崎病症状不如典型的川崎病一样完全，部分患儿可能以消化道系统为首发表现，如发热、消化道出血，随后可能出现皮疹、眼睛红、唇红皲裂等典型川崎病临床表现。非典型川崎病早期可能出现发热、腹痛，误诊为阑尾炎，但是后期逐渐出现典型的川崎病表现，病因与典型的川崎病的病因一样，都是免疫紊乱诱发的全身非特异性血管炎。但非典型川崎病因为早期症状不典型，临床容易出现误诊或漏诊，一旦没有及时进行正规治疗，可能引起后期严重心血管并发症，需提高警惕。