肛瘘的治疗基本上以手术治疗为主，很少药物能彻底治愈，但古代也有治愈肛瘘的成功案例，比如《医宗金鉴》里头有黄连闭管丸，吃完以后瘘管就闭合。但大部分情况下可能得需要外科处理。手术的关键是要处理原发口，原发口往往都在直肠里，肛隐窝处。如果不处理原发口，感染源没有控制，会导致复发。所以要把瘘管切开或者切除，把内口结扎或者是切开、闭合，肛瘘才能够治愈。