女性小便时出现肚子疼的原因如下：1、泌尿系统感染：为最常见原因，是由于细菌从女性尿道外口逆行感染膀胱所致，细菌储存在膀胱里会刺激膀胱，从而产生小腹部疼痛。此外患者还会出现尿频、尿急、尿道灼热、尿液浑浊等表现，患者每天需要去多次厕所，有尿时需要赶快去厕所，甚至没有跑到厕所就出现尿出的感觉，排尿时觉得尿道很热，同时出现尿液浑浊，不够清亮、透彻。患者需要在正规医院做普通尿常规检测可以明确诊断，如果尿常规中白细胞达到每高倍视野＞5个，可以确诊为泌尿系统感染；2、泌尿系统结石：主要是膀胱结石，膀胱结石在膀胱内并不是固定不动，会随着尿液不断移动，在排尿过程中，结石可能卡在膀胱与尿道的连接部位，这时会出现剧烈的小腹部疼痛。