怀孕三周如果从受精卵着床开始计算就可以进行药物流产，但是如果从末次月经第一天开始计算，这个时候超声下还看不到宫内妊娠囊，没有办法进行药物流产。如果从末次月经第一天开始算起，三周一般是受精卵着床之后的一周左右，确实可以通过抽血检测血清中的绒毛膜促性腺激素水平，出现升高，就判断是怀孕了。但是这个时候得怀孕只能证明是怀孕状态，而不能确定是宫内怀孕，宫外怀孕也会出现HCG水平的升高。如果不能确认是宫内怀孕，不能排除宫外孕，不允许进行任何形式的流产。因为一旦是宫外孕，进行流产会导致宫外孕的误诊和漏诊，引起宫外孕破裂大出血，危及女性生命。所以做药物流产和人工流产的前提，都一定要在超声检查的时候，确认有宫内妊娠囊和卵黄囊，排除宫外孕以后才可以进行流产手术。在停经49天以内就可以进行药物流产，在停经70天以内可以进行人工流产手术，可以根据胎囊的大小来决定流产方式。