阴茎根部皮肤瘙痒、有疙瘩的原因具体如下：1、鲍温样丘疹：病人出现鲍温样丘疹时，会在阴茎根部形成数个扁平疣样肿物，表面有色素沉着，会有局部瘙痒症状。病人出现上述症状，常由人乳头瘤病毒16号引起，HPV16引起鲍温样丘疹还会引起皮肤局部变化。病人出现上述症状时，需及时到皮肤性病科，或泌尿外科就医；2、疥疮感染：病人发生疥疮感染时，也会在阴茎根部出现疥疮结节，还会出现局部瘙痒症状；多数病人在大腿内侧和手指缝间也会有结节样丘疹，并伴有局部瘙痒症状。病人出现上述症状时，需及时到皮肤性病科就医，通过规范的药物治疗，多数病人疥疮感染引起的阴茎根部瘙痒症状、阴茎根部皮肤有疙瘩症状，会明显好转。