肺结核的治愈一般不是指生物学上治愈，更多是指临床治愈，故肺结核有一定的复发率。因肺结核患者经过治疗后可达到临床治愈，但结核杆菌可在钙化灶里存活，特别是肺的钙化灶，机体免疫力低下时，在钙化灶甚至是在结节里存活的结核杆菌会再次复制、繁殖，导致肺结核复发。引起肺结核复发的常见原因是激素的使用，或合并HIV感染，导致免疫力低下。另外，肿瘤患者尤其是经过放化疗治疗的患者，抵抗力、免疫力均明显下降，易导致结核复发。此外，引起结核复发的一个重要原因是结核菌耐药，若结核杆菌对一般的常用抗结核药耐药，治疗结核的药物不能彻底清除结核杆菌，则可因耐药结核杆菌导致结核复发。