右侧附件的囊肿是否会影响月经主要跟囊肿的性质有关：一、生理性囊肿：在临床上并不会对月经造成影响，比如黄体囊肿通常在月经干净之后，往往就会萎缩变小甚至消失。二、病理性囊肿：可能对月经造成影响。1、卵巢囊肿：在卵巢局部出现囊肿可能会对卵巢的细胞造成一定影响，因为卵巢是重要的内分泌器官，所以可能会导致月经出现量的改变，或者月经周期出现紊乱等；2、输卵管积水导致囊肿：由于输卵管积水导致的囊肿在临床上通常是慢性炎症所引起，当附件区有炎症的情况下同样对月经会造成一定的影响。所以对于附件区的囊肿，如果是生理状态则不用进行特殊的处理。而病理性的右侧附件囊肿，建议患者及时前往医院进行相应治疗，如果囊肿大于五公分考虑进行手术治疗。患者有输卵管积水的情况可以考虑静脉用抗生素治疗，如果抗生素的效果不好，必要的时候可以考虑腹腔镜下手术进行治疗。