黏膜囊肿的治疗方案，通常要根据患者黏膜囊肿的部位、囊肿的大小，以及囊肿与周围组织的关系等来决定。并且要考虑到患者的全身情况、基础情况，以及患者能够承受相应治疗的一种基础等，进行综合的分析、判断，从而给予最佳治疗，具体情况如下：1、保守治疗：通常对于非常小的黏膜囊肿，多半可能并不一定考虑进行手术治疗，可以进行相应的检查。如果囊肿对口腔颌面部以及全身没有明显的损害和损伤，可以先进行密切的观察，进行保守治疗。根据后面病情变化的情况，再决定进一步的治疗；2、手术治疗：如果黏膜囊肿较大，而且影响了口腔颌面部的美观及功能，还是要尽早进行相应的术前检查，并且进行相应的分析。在进行完善的检查分析以后，多半可能考虑进行手术治疗。在手术治疗以后，要根据病理结果，决定进一步的治疗方案。