巴氏腺位于大阴唇下方，可以分泌黏液，因各种原因导致的腺管口阻塞，则会使黏液排出不畅而形成囊肿。巴氏腺囊肿是潴留囊肿，内部潴留的是巴氏腺所分泌的无色、透明黏液，但当巴氏腺出现感染时囊内液则会变为脓液。由于腺体所在的部位较特殊，同时局部可能会受到裤子的摩擦，因为炎症或摩擦导致腺管口局部粗糙，时间久了则会出现腺体引流不畅的现象。因为腺管口阻塞导致腺体排出不畅，而形成巴氏腺囊肿。小的巴氏腺囊肿患者没有症状，大的巴氏腺囊肿通常会引起局部不适，需要进行处理。