女性尿路感染反复发作，可以通过以下检查明确病因：1、体格检查：女性尿路感染反复发作，要从病史上明确尿路感染与性生活的关系，因为有些女性在性生活时，由于挤压作用会使阴道分泌物进入尿道，造成尿路感染反复发作。当与性生活有关的尿路感染反复发作时，要注意女性是否有解剖异常，常见的是处女膜融合，是通过体格检查完成。在体格检查时会发现尿道口和阴道口过于接近，容易在性生活时，将阴道分泌物挤入到尿道内，造成尿路感染反复发作；2、影像学检查：泌尿系统器官存在器质性病变时，如梗阻，会使尿液引流不畅，导致感染反复发作，要通过影像学检查明确，如CT、B超、磁共振等；3、病原微生物检查：一些特殊类型的感染，症状持续存在或时好时坏，甚至进行性加重时，需要行病原微生物的检查明确诊断，进行相应的处理。