子宫纵隔可能影响生育，由于子宫纵隔相当于将屋子隔断，可能导致胎儿活动受限，造成怀孕5-7个月时流产或者早产。如果初次流产以后，部分产妇可能第二次能够顺利怀孕分娩，通常由于子宫腔被撑大导致，虽然仍然有隔断，但是孩子能够长大、足月生产，通常没有较大问题。部分人可能在怀孕前发现有子宫纵隔，可能进行手术，用宫腔镜的方法打开子宫纵隔。同时可能放置避孕环，通常半年以后允许怀孕，但是这种方式有时也可能造成感染或者手术损伤。另外，部分患者不知道存在子宫纵隔，也可能无需进行治疗即可怀孕。