耳后神经疼、头疼的原因如下：1、神经疾病：耳后神经分布有面神经分支、三叉神经分支、舌咽神经分支、枕大神经分支等。神经分支在受到某种病变刺激的影响下，会引起疼痛，比如面神经炎、三叉神经痛、枕大神经痛；2、耳部疾病：如中耳疾病、外耳道疾病等；3、口咽部疾病：如牙齿疾病、咽喉部疾病等，也可以刺激神经而引起疼痛。患者应该及时就诊，请专业医师进行诊断和鉴别诊断，找到确切病因后对因处理，其次进行对症处理，比如使用解热镇痛剂、神经营养剂、B族维生素等药物，以及进行理疗等综合措施。