小便结束有轻微痛感，常见原因如下：1、膀胱炎：患者发生泌尿系感染引起膀胱炎时，由于感染性致病菌刺激膀胱三角区和膀胱颈部黏膜，会出现膀胱黏膜水肿、糜烂和破损，导致排尿终末时出现尿痛症状；2、尿道结石：患者发生输尿管结石碎石后，当结石排到后尿道时会出现排尿终末尿痛症状。患者出现上述症状时，需及时到泌尿外科就医，通过泌尿系统彩超检查，除外有无输尿管结石、尿道结石，通过中段尿培养能找到致病微生物，选择有效抗生素，如磷霉素氨丁三醇散、左氧氟沙星片、头孢克洛缓释片等药物，进行序贯治疗4-6周左右。同时配合中成药物，如八正胶囊、热淋清颗粒进行治疗，多数患者排尿后疼痛症状会明显好转。