一般来说甲状腺囊肿不会恶化，大多数甲状腺囊肿是良性病变。甲状腺容易发生结节，这些结节有实性、囊性，也有囊实混合，囊性也就是囊肿，变成恶性肿瘤的可能性远远低于实性甲状腺结节。部分甲状腺囊肿在饮食、环境等多种因素作用下形成、部分囊肿是实性结节在演变的过程中变成囊性，如发生坏死液化，或者是出血，这样的结节和一般囊肿不一样，其可能是囊实混合的结节。对于囊实混合的结节，实性部分有恶变的可能。观察囊肿是否会发生恶化，除了用B超来观察之外，还可以做细针穿刺脱落细胞学检查，在显微镜下看囊肿里含有的细胞，是否有恶性细胞，是比较准确的方法。如果是完全都是囊性、水性的液体囊肿，其恶化的可能性较低，可以通过超声随访观察。囊肿较小可不处理，囊肿较大可选择手术切除。