大部分开颅手术之后的后遗症在术后几天之内都足以完全显现，很少会有潜伏期的存在。在少数情况下，如开颅手术动脉瘤夹闭之后，蛛网膜下腔出血会将脑脊液回吸收的通路堵塞，从而形成脑积水。所以脑积水通常和开颅手术本身并没有直接关系，一般是在动脉瘤夹闭手术之后几周到几个月时间缓慢形成。另外，部分开颅手术后的患者可能会出现癫痫发作，并且癫痫发作可以在开颅手术之后的几天内出现，但也可以在开颅手术之后的几个月，甚至更久之后出现。个别迟发性的癫痫发作，可能发生于开颅手术之后的几年，甚至十几年。所以部分开颅手术之后的后遗症潜伏期，可以达到几年或十几年之久。开颅手术之后，由于基础疾病不同，对患者神经功能和全身结构的影响有所差异，而患者开颅手术的范围和手术操作过程中对周围的颅神经、血管等不同程度的骚扰和损伤，有可能会造成一些后遗症的出现。