遗精时尿道口疼，可以口服以下药物进行治疗：1、阿奇霉素分散片：对多组尿道和生殖道致病菌，有明显的治疗效果；2、中成药物：如热淋清颗粒口服后，可以明显减轻遗精后尿道口疼痛的症状，口服三金片后也可以明显缓解症状；3、四环素类抗生素：如盐酸米诺环素，对淋球菌、支原体、衣原体，都有较好的抑菌和杀菌作用，还可以服用盐酸多西环素，对耐药的衣原体和支原体，尤其是解脲支原体，有明显的治疗效果，多数病人主诉尿道口疼痛症状明显减轻；4、磷霉素氨丁三醇散：对大肠杆菌以及粪肠球菌、屎肠球菌感染引起的尿道口疼痛症状，有较好的治疗效果。