两只眼睛瞳孔不一样大的常见原因如下：1、单侧瞳孔散大：常见于视神经传导疾患，如外伤损伤到视神经，眶间视神经孔的损伤导致视神经营养障碍的损伤，甚至是视神经直接发生挫伤，同时某些感染，比如梅毒性视神经炎，也会造成视神经的传导功能障碍，造成单侧瞳孔散大。另外，中毒性视神经炎或视神经变性，也会造成单侧瞳孔散大，中毒性视神经炎主要是患者喝了甲醇冒充的乙醇，或造鞋厂的化学品污染造成视神经中毒性的球后视神经炎，会导致单侧瞳孔散大。此外，瞳孔散大还可以见于其它瞳孔括约肌麻痹，如青光眼、高眼压时瞳孔括约肌麻痹或外伤时损伤虹膜组织；2、单侧瞳孔缩小：常见于颈交感神经节的损伤，也称之为Horner综合征，其它的还包括胆碱能受体中毒，比如有机磷农药中毒或使用缩瞳剂，如毛果芸香碱等。