急性胃肠炎如果出现发烧可以应用抗生素，如喹诺酮类、青霉素类，以及抗厌氧菌的甲硝唑类。建议到医院查血和便常规，明确有无炎症反应再服药。也可给予退烧药，但多数为非甾体类消炎药，有可能会增加胃肠道刺激，还会有消化道出血的风险。因此在体温没有超过38℃和38.5℃时，建议首选消炎、补充液体量、补充有效血液循环量，静脉输液或经口饮用补液盐，冲淡毒素因子在体内的循环，可根据血常规以及便常规情况决定是否服用药物。如果出现高烧等情况，可给予一定退烧药，也可进行酒精擦拭缓解体温升高。