有卵巢囊肿怀孕了是否有影响，要根据囊肿的性质，以及是否出现并发症来进行判断。1、没有影响：如果是生理性囊肿，比如黄素囊肿，怀孕后可能会存在，但过一段时间就会自然消退，通常没有影响。如果是病理性囊肿，大部分也都是良性的，对怀孕本身不构成威胁；2、有影响：但如果出现并发症，就会对怀孕有影响，因为随着子宫增大，卵巢的位置就会发生相应改变，这时可能出现囊肿扭转，也可能出现囊肿破裂。如果这个囊肿出现并发症，不管是扭转还是破裂，都属于急腹症的情况，可能会出现剧烈的肚子疼、发热等，也可能出现消化道症状。这时急诊处理起来就非常麻烦，比较棘手。所以如果有囊肿，囊肿又长到中等大小，还是建议在怀孕3个月以后，手术将囊肿切除。