鼻咽癌的发病原因至今并不明确，目前主要认为是一种多基因遗传病，主要是多个基因间或基因与环境间相互作用的结果。目前比较明确的因素，主要有EB病毒感染、化学致癌物质、环境因素、遗传因素等。 目前在鼻咽癌患者的活检瘤细胞中已经查出鼻咽癌病毒和病毒抗原，且在鼻咽癌患者的血清当中已经明确有鼻咽癌病毒抗体效价的升高，其升高水平与疾病的转化有正相关作用，所以认为EB病毒感染与鼻咽癌发病关系密切。其次是化学致癌物质，亚硝酸盐可以刺激小鼠鼻咽癌，鼻咽黏膜过度增生，诱发原位癌或浸润癌，且子代中有27%可以罹患鼻咽癌，所以亚硝酸盐及其化合物与鼻咽癌发病关系密切。