头孢哌酮钠舒巴坦钠一般是指注射用头孢哌酮钠舒巴坦钠，头孢曲松一般是指注射用头孢曲松钠，区别包括药物组成不同、药物结构不同，以及抗菌谱、抗菌作用特点、所导致的不良反应、用药注意事项等都有不同。1、注射用头孢哌酮钠舒巴坦钠：属于复方制剂，属于头孢哌酮加上酶抑制剂舒巴坦钠，即三代头孢加酶抑制剂，可以用于治疗敏感菌所导致的一系列感染，包括呼吸道感染、泌尿道感染，以及腹膜炎、胆囊炎，还有皮肤软组织感染、骨骼及关节感染等。之所以要在头孢哌酮中加入酶抑制剂，是因为舒巴坦钠虽然抗菌作用比较弱，但是它具有强效的抑酶作用，可以防止耐药菌所产生的酶，对头孢类抗菌药物的破坏，这样就能有效扩大抗菌药物的抗菌谱，和头孢类抗菌药物起到协同作用；2、注射用头孢曲松钠：属于三代头孢，但是为单一成分，仅有头孢曲松一种药，主要有抗菌作用，可以用于敏感菌所导致的一系列感染，包括脓毒血症、腹部感染、皮肤软组织感染等。上述两种药物同作为抗菌药物，都必须在医生的指导下合理使用。