卵巢巧克力囊肿并不一定100%复发。在临床上对卵巢巧克力囊肿采取相应的手术措施后，一般都会给予后续治疗，比如服用地诺孕素片、肌肉注射醋酸曲普瑞林等。后续治疗可抑制子宫内膜生长，从而在临床上预防巧克力囊肿复发。但由于个体差异不同，有的病人即使用药后有可能复发；但有的病人对药效较敏感，所以不会复发。另外，若巧克力囊肿的病人做了手术后刚好接近于围绝经期。此时卵巢功能已经开始下降，卵巢不再周期性分泌雌激素、孕激素，子宫内膜也不会在雌、孕激素作用下发生相应变化、脱落，即不会再来月经。此时的巧克力囊肿通常也不会复发。虽然巧克力囊肿在临床上的复发比率相对较高，但并不是100%复发。因此，建议病人在手术后要定期到医院做检查。