双歧杆菌通常建议饭后服用，饭后可用温开水或者温牛奶送服。双歧杆菌主要采用活菌制剂，若温度过高会导致活菌灭活，通常建议温度不超过40℃。临床上包括三联活菌制剂和四联活菌制剂，如长双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌等，四联活菌制剂还包含蜡样芽孢杆菌等，两种制剂的活菌种类和数量有所区别。上述药物主要用于治疗与肠道菌群相关的症状，如肠道菌群失调引起的腹泻、便秘及功能性消化不良等。此外若长期口服广谱抗生素，可能因为肠道菌群的破坏引起菌群失调，从而出现腹泻等症状，此时也可以服用双歧杆菌进行治疗。