胚胎移植后出现的肚子疼多指小腹疼痛，若发生在新鲜取卵周期，则可能与前期取卵有关。因为卵巢较大，在取卵时医生需使用长针进针，可能会导致腹腔出血，或在卵巢愈合过程中小腹出现轻微不适，但通常患者能够忍受。若胚胎已经着床，则可以产生HCG，在产生HCG后卵巢会被刺激而增大，此时女性的小腹则会出现胀痛感。部分女性可能会出现胚胎着床痛，即胚胎着床时出现疼痛的感觉，少数女性还会发生少量的出血。