3个月的孩子睡醒以后出现眼睛肿，可能有以下的原因：1、过敏：由于环境因素、食物因素所造成的过敏症状，如牛奶蛋白过敏或妈妈的饮食问题，都可以造成孩子眼睛出现红肿的情况，要注意过敏因素，避免接触过敏原；2、代谢异常：3个月的孩子肾脏代谢功能比较差，所以如果液体入量过多，没有及时排出体外，孩子会出现睡醒以后眼睛浮肿的情况，要关注孩子的尿量，注意孩子的入量，及时调整饮食，随着孩子年龄的增长会逐渐好转；3、结膜炎：3个月的孩子如果出现眼睛的红肿，要注意是否有结膜炎，要注意用手卫生，进行抗感染治疗，需要到眼科进行诊断和治疗。所以孩子睡醒以后出现眼睛肿的情况，要具体分析、寻找原因。必要时进行尿常规检查或者泌尿道的超声检查，除外肾脏疾病，了解孩子的具体情况。如果是感染造成的眼睛红肿，需要及时就诊。