眼角膜移植后遗症主要为术后散光及排斥反应，术后散光不可避免，因被移植对象的角膜是通过缝线结合，所以会对角膜造成一定扭曲。如果散光较大，术后通过镜片无法矫正，此时有必要进行角膜松解术，降低散光程度。 而术后排斥反应发生几率较小，一般与术后感染有关，所以手术结束后需严格进行随诊，及时发现问题，避免不必要的排斥反应发生。且不同角膜移植手术，后遗症发生率不同。而穿透性角膜移植术术后的后遗症发生率相对较高，但两种板层角膜移植和角膜内皮移植术后发生后遗症概率较小。