睡觉时头疼多是有缺血、缺氧的情况出现，需要根据其发作频率进行处理，具体如下：1、短期发作：并且是经常熬夜或者过度工作，休息不好时出现，则需要加强休息、均衡营养、适量运动、继续观察，很多就能得到明显缓解；2、长期发作：如果病程较长并且迁延不愈，需要到医院进行相应检查，明确到底是椎管内因素还是椎管外因素，是颅内因素还是颅外因素。因此要进行几个相关检查，包括头颅核磁共振、脑血管造影、颈椎核磁共振、颈动脉/椎动脉超声、颈部软组织超声。有时也需要辅助实验室检查，如血常规、血生化等，去明确到底有没有炎症、感染、肿瘤压迫等情况出现。如果出现这些情况，就要到神经外科、神经内科或者疼痛科及时就诊，从而进行针对性治疗。