怀孕12周时小腹微痛，主要有以下情况：1、正常现象：如果疼痛经过休息后能快速缓解，一般属于正常现象，有可能是子宫收缩，无需特殊处理。通常在12-14周孕妇开始出现生理性子宫收缩，但这类宫缩较少出现，一般一天只发生几次，而且没有明显疼痛症状，也不会有阴道出血；2、先兆流产：通常怀孕12周大多数胚胎种植着床已经相对稳定，难以发生流产，但也有个别情况会出现流产甚至胚胎停育的情况。如果感到频繁出现下腹部坠胀样疼痛，尤其时伴有阴道出血现象，需要及时到医院就诊，进行相关检查，包括超声检查，从而明确胚胎在宫腔内的情况。