清晨醒来口苦有以下原因：1、食物：是否进食难以消化或有特殊异味食物，在体内不易消化，一夜积滞后可能会引起口苦；2、药物：是否进食特殊药物，本身就造成口苦，这种口苦存留的时间较长；3、口腔病变：口腔局部是否有特殊病变，如是否有牙齿缝隙过大造成食物残渣存留，是否因牙龈病变造成黏膜破损而出现口苦感觉，考虑口腔黏膜是否有异常；4、胃肠动力障碍：是否存在胃肠动力问题，如酸反流、碱反流；5、全身疾病：是否有严重的全身疾病对味觉产生影响，如慢性肾功能不全。