扁桃体结石的病因和发病机制目前并不十分清楚，但是普遍认为和扁桃体的慢性炎症以及扁桃体腺窝腺体的堵塞有关系。因为长期的慢性炎症和扁桃体腺窝阻塞以后，就会形成含有大量钙物质的结石，并且在这结石里面又发现含有许多的细菌和其他的细胞形态。所以对于慢性扁桃体结石，和扁桃体慢性炎症关系很大。出现扁桃体结石时，如果结石非常少可以用淡盐水漱口，并且保持口腔的清洁湿润，这样结石会逐渐减少。但是如果结石比较多，已经在双侧扁桃体上面覆盖的比较多，并且经过清理以后还长得比较频繁，就需要进行扁桃体的切除手术才可以根治。